Edición y Gestión de PDF (PDFsam)
Si PDFsam te dice "Access Denied" (Acceso denegado) al intentar sobrescribir, el problema no es el PDF, es el permiso de la carpeta.
Abre tu gestor de archivos (Nemo), haz clic derecho sobre el PDF en cuestión y selecciona "Propiedades".
Asegúrate de que en la sección de "Propietario" tengas derechos de "Lectura y Escritura" activos.
Si trabajas sobre un disco USB de Solo Lectura o un NAS restringido, PDFsam no podrá procesar. Guarda siempre en "Documentos" locales primero.